Если компания или ИП вовремя не перечислили удержанный налог в бюджет, такой налог в разделе 2 расчета 6-НДФЛ надо отразить в том периоде, на который выпал крайний срок уплаты по закону.
Тот факт, что компания или ИП заплатили НДФЛ позже, отражать в расчете 6-НДФЛ не нужно. Ведь в отчете записывают только начисленный и удержанный налог, а по строке 120 – срок перечисления налога по НК РФ.
Налоговики сами увидят просрочку по налогу, когда сравнят даты из расчета 6-НДФЛ и платежи. За опоздание по НДФЛ они начислят штраф и пени.