Лицензия как основание для льгот
Медицинская деятельность лицензируется по Федеральному закону № 99-ФЗ от 04.05.2011. Порядок и лицензионные требования установлены Постановлением Правительства РФ № 852 от 01.06.2021, а требования к организации и выполнению конкретных работ (услуг) – приказом Минздрава России № 866н от 19.08.2021.
Лицензируется не медицина вообще, а конкретные работы и услуги из приложения к Положению № 852. Требования сгруппированы в четыре блока:
- Помещения. Право собственности или аренды, соответствие санитарным нормам по площади кабинетов, отделке, вентиляции, освещению, водоснабжению.
- Оборудование. Медизделия, зарегистрированные в РФ, плюс действующий договор на техобслуживание с организацией, имеющей лицензию по Постановлению Правительства РФ № 2129 от 30.11.2021.
- Персонал. Профильное образование, действующий сертификат специалиста или свидетельство об аккредитации, официальное трудоустройство. Для руководителя и ИП дополнительно – стаж не менее 5 и 2 лет соответственно.
- Информационные системы. Подключение к ЕГИСЗ и ведение медицинской документации в электронном виде.
перечень работ в лицензии должен покрывать все услуги из прайса. Если клиника фактически оказывает услуги по направлению, не открытому в лицензии, выручка по ним облагается НДС в общем порядке, а сама деятельность рискует быть квалифицирована как безлицензионная.
Освобождение от НДС: что попадает под льготу
Основание – подпункт 2 пункта 2 статьи 149 НК РФ. Освобождение действует при наличии лицензии и распространяется на:
-
услуги по диагностике, профилактике и лечению по перечню из Постановления Правительства РФ № 132 от 20.02.2001 – амбулаторно-поликлиническая помощь (включая доврачебную), стационар, дневной стационар и врачи общей практики, санаторно-курортные учреждения, санитарное просвещение, а также медицинская экспертиза в рамках этих видов помощи;
-
услуги по перечню ОМС (действующий перечень утвержден Постановлением Правительства РФ № 2188 от 29.12.2025);
-
услуги скорой медицинской помощи;
-
сбор крови по договорам со стационарными и поликлиническими учреждениями;
-
дежурство медперсонала у постели больного;
-
патологоанатомические услуги;
-
услуги беременным женщинам, новорожденным, инвалидам и наркологическим больным.
Форма и источник оплаты не имеют значения: льгота работает и по прямым договорам с физлицами, и по ДМС, и по корпоративным договорам с юридическими лицами – например, при проведении предварительных и периодических медосмотров.
Освобождение по статье 149 НК РФ не является правом выбора. Отказаться от него нельзя – норма отказа в пункте 5 статьи 149 НК РФ распространяется только на операции из пункта 3. Начислить НДС «для удобства» корпоративных клиентов не получится.
Что под льготу не попадает
Здесь у клиник больше всего доначислений:
- Косметические услуги – прямое исключение в подпункте 2 пункта 2 статьи 149 НК РФ.
- Санитарно-эпидемиологические услуги, кроме финансируемых из бюджета.
- Продажа товаров – косметики, БАДов, линз, ортопедических изделий. Минфин в письме № 03-07-07/74698 от 01.08.2025 подтвердил: услуга может быть льготной, а реализация продукции – нет.
- Ветеринарные услуги.
- Отдельная зона риска – косметология. Разграничение идет не по названию процедуры, а по правовому статусу: услуги по косметологии и сестринскому делу в косметологии входят в перечень № 132 и в классификатор из приказа № 866н, поэтому при наличии соответствующей лицензии и оказании их в рамках первичной медико-санитарной помощи в амбулаторных условиях они освобождаются от НДС.
А процедуры без медицинских показаний, оказываемые как бытовая услуга, – это косметические услуги из исключения. Позицию нужно фиксировать документально: протокол осмотра, показания, назначение врача.
Раздельный учет – не опция, а обязанность
Как только в прайсе появляется хотя бы одна необлагаемая позиция, включается пункт 4 статьи 149 и пункт 4 статьи 170 НК РФ. Клиника обязана вести раздельный учет:
- Выручки – по льготным и по облагаемым операциям.
- Входящего НДС – по приобретениям для льготной и для облагаемой деятельности.
Входящий НДС по покупкам для льготных услуг к вычету не принимается и включается в стоимость. По покупкам для облагаемых операций – принимается при наличии счетов-фактур. Общехозяйственные расходы (аренда, коммуналка, ПО, реклама) распределяются пропорционально выручке. Методику распределения нужно закрепить в учетной политике – при проверке первым делом запросят именно ее.
Необлагаемые операции показываются в разделе 7 декларации по НДС с соответствующими кодами.
Упрощенка и новые пороги 2026 года
С 2026 года общая ставка НДС составляет 22%, а порог доходов для освобождения плательщиков УСН снижен с 60 до 20 млн рублей. Федеральный закон № 228-ФЗ от 04.07.2026 сохранил лимит 20 млн на 2027–2029 годы, отложив снижение: до 15 млн – с 2030 года, до 10 млн – с 2031 года.
Применять УСН в 2026 году можно при доходе до 490,5 млн рублей (450 млн × коэффициент-дефлятор 1,090). При превышении порога в 20 млн обязанность по НДС возникает с 1-го числа месяца, следующего за месяцем превышения, а ставка выбирается из специальных – 5% (доход до 272,5 млн) или 7% (до 490,5 млн) без права вычета – либо общеустановленных 22% и 10% с вычетом.
Утрата освобождения по статье 145 НК РФ из-за превышения лимита не отменяет льготу по статье 149 НК РФ. Клиника на УСН, перешагнувшая 20 млн, продолжает не начислять НДС на медицинские услуги из перечня – но обязана начислять его на косметические услуги и продажу товаров. То есть раздельный учет становится обязательным и на упрощенке.
Нулевая ставка по налогу на прибыль
При общей ставке 25% медицинские организации на ОСНО вправе применять ставку 0% по статье 284.1 НК РФ. Условия выполняются одновременно в течение всего налогового периода:
-
лицензия на медицинскую деятельность;
-
доля доходов от медицинской деятельности и НИОКР – не менее 90% от общего объема доходов;
-
не менее 50% работников в штате – медперсонал с сертификатом специалиста или свидетельством об аккредитации;
-
численность работников – не менее 15 человек непрерывно;
-
нет операций с векселями и финансовыми инструментами срочных сделок.
Виды деятельности для льготы определены Постановлением Правительства РФ № 917 от 10.11.2011. Подтверждающие сведения по форме КНД 1150022 подаются не позднее 25 марта года, следующего за истекшим. В декларации указывается код места учета «226». Нарушение хотя бы одного условия – налог восстанавливается с начала года с пенями.
Что еще держать под контролем
С 1 сентября 2026 года действуют Правила, утвержденные Постановлением Правительства РФ № 659 от 30.05.2026; прежние Правила из Постановления № 736 от 11.05.2023 утратили силу. Смета может быть твердой или приблизительной, договор допускается заключать дистанционно через сайт, мобильное приложение или многофункциональный сервис обмена информацией. Формы договоров и информированных согласий нужно обновить.
Клиника с лицензией выдает пациентам справку об оплате медицинских услуг по форме КНД 1151156 (приказ ФНС № ЕА-7-11/824@ от 08.11.2023) и передает сведения в налоговый орган – срок не превышает 30 календарных дней с даты обращения.
С 2026 года пониженный тариф 15% для выплат свыше 1,5 МРОТ доступен не всем субъектам МСП, а только тем, чей основной ОКВЭД входит в правительственный перечень приоритетных отраслей, при соблюдении условия о доле доходов. Код деятельности клиники нужно проверить по перечню, иначе взносы пересчитают с 1 января.
Медикаменты и расходники – по ФСБУ 5/2019, оборудование – по ФСБУ 6/2020, аренда помещений – по ФСБУ 25/2018. Партионный учет препаратов с контролем сроков годности и списанием по нормам – обязательное условие для обоснования расходов.
Медицинский учет – это стык налогового и здравоохранительного права. Здесь недостаточно правильно посчитать налог: нужно, чтобы каждую льготу подтверждала лицензия, а каждую услугу – медицинская документация.
Если хотите проверить, все ли ваши услуги закрыты лицензией и корректно ли выстроен раздельный учет НДС, – наши эксперты проведут аудит и подготовят учетную политику под ваш прайс. Обращайтесь!

